Metal Gear Solid 2: Substance — спецізування Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, містить понад п'ятьсот додаткових завдань, п'ять сюжетних епізодів і багато додаткових матеріалів. Також у цьому виданні є режими Boss Survival (зразка з будь-яким босом із гри) і Casting Theathre (дає змогу змінювати персонажів у ключових роликах гри)